Also, ohne da jetzt weiter ins wissenschaftliche Detail gehen zu wollen. Was die Aussprache alt-griechischer (attischer) Wote angeht, helfen einem Rechtschreibfehler auf Massendokumenten der Zeit gut weiter. Daher wissen wir heute relativ sicher, dass die heutige neu-griechische Aussprache recht nahe an der klassischen Zeit liegt.
Generell hast du insofern recht, dass eine "exakte" Ausspracheregel kaum mehr rekonstruierbar ist, auch wenn du die Möglichkeiten der Liguistik glaube ich unterschätzt.
Ansonsten: Die Firma wird, da sie amerikanisch ist, natürlich entsprechend ausgesprochen. Die Göttin, nach der sie sich benannt haben, aber halt doch lieber weiter Nike (weil in unserem Sprachraum so etabliert).
Vielleich hätte ich einfach doch mal Smilies stetzen sollen...